海宁市疾病预防控制中心组建于2001年，由原海宁市卫生防疫站、市皮肤病防治站、硖石牙病防治所基础上组建而成。2023年12月，海宁市委编办下发《关于重新组建海宁市疾病预防控制中心的通知》，整合海宁市疾病预防控制中心、海宁市卫生监督所机构职能，重新组建海宁市疾病预防控制中心，为海宁市卫生健康局（海宁市疾病预防控制局）所属公益一类事业单位，机构规格为副科级，挂海宁市卫生监督所牌子。设12个内设机构：办公室（挂法制科牌子）、组织人事科教科、综合保障科、传染病预防控制科（挂公共卫生应急科牌子）、慢性病预防控制科（挂健康教育科牌子）、免疫规划科、艾滋病性病结核病预防控制科、卫生监测与地方病预防控制科（挂学校卫生科牌子）、检验科、监督执法一科、监督执法二科、监督执法三科。

在海宁市卫生健康局（海宁市疾病预防控制局）的领导及上级疾控中心的指导下，具体承担疾病预防与控制，负责辖区内疫情信息收集与上报、流行病学调查、隔离防控等疫情防控日常工作；健康相关因素信息管理、职业病防治、健康危害因素监测与干预工作；实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、食品安全风险监测与评估工作；公共卫生技术管理与应用研究指导；按照管理权限，承担公共卫生、医疗卫生、职业卫生等监督执法工作；对医疗机构传染病防控工作的巡查监督。

海宁市疾病预防控制中心（海宁市卫生监督所）全体干部职工遵循"团结、勤政、创新、求实"的团队精神，恪守职业道德，运用多学科知识和技术，健全多渠道监测预警体系，完善公共卫生应急管理体系，加强科研能力和队伍建设，强化卫生监督执法，为保护广大群众的身体健康而努力工作。